京博的所在地在平安时代是后白河太上法皇（1127-1192）的御所——法住寺殿的其中一部分。莲华王院三十三间堂也曾是其中一部分，可见现在寺院的南大门与京博的南门、平成知新馆的玄关入口都位于同一条南北轴线上。到了桃山时代，丰臣秀吉（1537-1598）在此地建设了方广寺大佛殿。由秀吉之子丰臣秀赖（1593-1615）配建的回廊和南门的遗迹都在现在京博的馆内，并被评定为历史遗迹。
平成知新馆采用了让历史辉映的设计，建筑前方水池等处设有圆形图案，标示着方广寺柱础石曾经所在的位置。

正门（西门）与主馆之间的圆水池基本保留了开馆当时的状态，只有规模和位置稍有改变。起初建设水池时计划从琵琶湖调水线路引水造喷泉，但计划落空。现在的圆形喷泉是昭和43年（1968）由松下电器公司捐赠的，在多次的修缮维护下，现在仍在为观众带来视觉享受。

水池周围设有花坛和草地，曾是向市民免费开放的公园。然而昭和25年（1950），京博决定将罗丹的《思想者》铜像设置在庭院中，因此为了管理和保护庭院内的文物，将庭院纳入了付费参观的范围。京博的庭院内设有户外展览，展出众多文物。在来馆参观时，敬请细赏庭院，相信会给您带来惊喜。

开馆初期，展览以作品类别划分展示内容。大正4年（1915）秋季，在举办纪念大正天皇即位的京都博览会特展之后，改为按时代划分展示内容。大正13年（1924），在京博的管辖权被移交京都市后，重新恢复了按作品类别展示的方针，并沿用至今。

为了丰富平常展的主题和多样性，自明治31年（1898）起，京博开始企划新年的特别陈列。自明治34年（1901）至明治43年（1910）期间，京博一直在每年的新年伊始举办以宫中新年和歌会与十二生肖为主题的特别陈列。借鉴于此，在平成知新馆开馆后，新春生肖专题展再次登场。

京博除了寄存传世于京都各大神社寺院的名品之外，还通过购买和接受捐赠的方式丰富馆藏。以下是被捐赠给京博，并成为京博馆藏品之骨干的著名个人收藏。

• 坂本龙马相关遗物 昭和6年（1931）捐赠
  由坂本弥太郎氏捐赠，是京博的代表性藏品之一。
• 守屋收藏 昭和28年（1953）捐赠
  由守屋孝藏氏收集的古抄经一类，在世界上都鼎鼎有名。
• 上野收藏 昭和28年（1953）捐赠
  由朝日新闻社的创始人之一上野理一氏收集的中国书画类作品。
• 罗丹《思想者》铜像 昭和31年（1956）捐赠
  昭和25年（1950）开始被寄存在京博，后来京博在计划收购时，陷入预算不足的窘境，最后是通过宝酒造社长大宫库吉氏的赞助才成功纳入馆藏。
• 须磨收藏 平成11-12年（1999-2000）捐赠
  由曾任外交官的须磨弥吉郎氏收集的中国近代书画类作品。其中不乏通过与中国近代画家的交流而入手的作品，在研究画家生涯时具有重要的参考价值。

在初期的收购作品中，包括明治38年（1905）从妙智院以750日元购得的国宝——传室町时代画师周文所绘的《竹斋读书图》。后来，京博在作为"恩赐京都博物馆"被国家移交给京都市管辖时，该作品转为了东京国立博物馆的馆藏品。