京博的所在地在平安時代是後白河太上法皇（1127-1192）的御所——法住寺殿的其中一部分。蓮華王院三十三間堂也曾是其中一部分，可見現在寺院的南大門與京博的南門、平成知新館的玄關入口都位於同一條南北軸線上。到了桃山時代，豐臣秀吉（1537-1598）在此地建設了方廣寺大佛殿。由秀吉之子豐臣秀賴（1593-1615）配建的回廊和南門的遺跡都在現在京博的館內，並被評定為歷史遺跡。
平成知新館採用了讓歷史輝映的設計，建築前方水池等處設有圓形圖案，標示著方廣寺柱礎石曾經所在的位置。

正門(西門)與主館之間的圓水池基本保留了開館當時的狀態，只有規模和位置稍有改變。起初建設水池時計劃從琵琶湖調水線路引水造噴泉，但計劃落空。現在的圓形噴泉是昭和43年（1968）由松下電器公司捐贈的，在多次的修繕維護下，現在仍在為民眾帶來視覺享受。

水池周圍設有花壇和草地，曾是向市民免費開放的公園。然而昭和25年（1950），京博決定將羅丹的《沉思者》銅像設置在庭院中，因此為了管理和保護庭院內的文物，將庭院納入了付費參觀的範圍。京博的庭院內設有戶外展覽，展出眾多文物。敬請在來館參觀時，細賞庭院，相信會給您帶來驚喜。

開館初期，展覽以作品類別劃分展示內容。大正4年（1915）秋季，在舉辦紀念大正天皇即位的京都博覽會特展之後，改為按時代劃分展示內容。大正13年（1924），在京博的管轄權被移交給京都市後，重新恢復了按作品類別展示的方針，並沿用至今。

為了豐富平常展的主題和多樣性，自明治31年（1898）起，京博開始企劃新年的特別陳列。明治34年（1901）至明治43年（1910）期間，京博一直在每年的新年伊始舉辦以宮中新年和歌會與十二生肖為主題的特別陳列。借鑑於此，在平成知新館開館後，新春生肖專題展再次登場。

京博除了寄存傳世於京都各大神社寺院的名品以外，還通過購買和接受捐贈的形式豐富館藏。以下是被捐贈給京博，並成為京博館藏品之骨幹的著名個人收藏。

• 坂本龍馬相關遺物 昭和6年（1931）捐贈
  由阪本彌太郎氏捐贈，是京博的代表性藏品之一。
• 守屋收藏 昭和28年（1953）捐贈
  由守屋孝藏氏收集的古抄經一類，在世界上都鼎鼎有名。
• 上野收藏 昭和28年（1953）捐贈
  由朝日新聞社的創始人之一上野理一氏收集的中國書畫類作品。
• 羅丹《沉思者》銅像 昭和31年（1956）捐贈
  昭和25年（1950）開始被寄存在京博，後來京博在計劃收購時，陷入預算不足的窘境，最後是通過寶酒造社長大宮庫吉氏的贊助才成功納入館藏。
• 須磨收藏 平成11-12年（1999-2000）捐贈
  由曾任外交官的須磨彌吉郎氏收集的中國近代書畫類作品。其中不乏通過與中國近代畫家的交流而入手的作品，在研究畫家生涯時具有重要的參考價值。

在初期的收購作品中，包括明治38年（1905）從妙智院以750日元購得的國寶——傳室町時代畫師周文所繪的《竹齋讀書圖》。後來，京博在作為「恩賜京都博物館」被國家移交給京都市管轄時，該作品轉為了東京國立博物館的館藏品。