これまでの特別展
- 特別展 畠山記念館の名品─能楽から茶の湯、そして琳派─
- 会期：2021年10月 9日 ～ 2021年12月 5日
- 特別展 京の国宝―守り伝える日本のたから―
- 会期：2021年7月24日 ～ 2021年9月12日
- 凝然国師没後700年 特別展 鑑真和上と戒律のあゆみ
- 会期：2021年3月27日 ～ 2021年5月16日
- 御即位記念 特別展 皇室の名宝
- 会期：2020年10月10日 ～ 2020年11月23日
- 西国三十三所 草創1300年記念 特別展
聖地をたずねて─西国三十三所の信仰と至宝─ - 会期：2020年7月23日 ～ 2020年9月13日
- 特別展 流転100年 佐竹本三十六歌仙絵と王朝の美
- 会期：2019年10月12日 ～ 2019年11月24日
- 特別展 時宗二祖上人七百年御遠忌記念
国宝 一遍聖絵と時宗の名宝 - 会期：2019年4月13日 ～ 2019年6月 9日
- 特別展 京のかたな 匠のわざと雅のこころ
- 会期：2018年9月29日 ～ 2018年11月25日
- 池大雅 天衣無縫の旅の画家
- 会期：2018年4月 7日 ～ 2018年5月20日
- 開館120周年記念 特別展覧会 国宝
- 会期：2017年10月 3日 ～ 2017年11月26日
- 開館120周年記念特別展覧会 海北友松（かいほうゆうしょう）
- 会期：2017年4月11日 ～ 2017年5月21日
- 没後150年 坂本龍馬
- 会期：2016年10月15日 ～ 2016年11月27日
- 臨済禅師1150年 白隠禅師250年遠諱記念 禅ー心をかたちにー
- 会期：2016年4月12日 ～ 2016年5月22日
- 琳派誕生400年記念 琳派 京（みやこ）を彩る
- 会期：2015年10月10日 ～ 2015年11月23日
- 桃山時代の狩野派 永徳の後継者たち
- 会期：2015年4月 7日 ～ 2015年5月17日
- 国宝 鳥獣戯画と高山寺
- 会期：2014年10月 7日 ～ 2014年11月24日
- 南山城の古寺巡礼
- 会期：2014年4月22日 ～ 2014年6月15日
- 特別展アーカイブ
- 会期：1995年4月11日 ～
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